Não sou nenhuma autoridade no assunto, mas meu TCC na faculdade (Tecnologia em Sistemas para Internet) foi o desenvolvimento de um computador de bordo automotivo rodando no iPhone (para carros que não tem, não é o caso de nós, proprietários de HB20
Na época eu tinha um Polo)
Tive que fazer uma pesquisa bem ampla para entender o quanto o motor depende de um computador (vários na verdade, mas o termo genérico é ECU -- Engine Control Unit) e no final das contas quase tudo é controlado por software. Se o software não controla diretamente, ele tem o papel de monitorar e ajustar o que for possível.
Portanto, a recomendação da fábrica de não lavar o motor faz todo o sentido sim. Eu particularmente recomendo que se for necessário (especialmente pro pessoal que mora no litoral) que isso seja feito pela concessionária se estiver na garantia, ou no mínimo por um mecânico que manje muito bem de eletrônica automotiva.